PROTEOMA é um termo relativamente novo, que significa o conjunto de proteínas nas expressas por um genoma. O genoma de um organismo , como o de um ser humano, é praticamente constante e independe de qual das diferentes células (excetuando-se óvulos e espermatozoides) está sendo analisada ou de variações no meio ambiente. Por outro lado, o proteoma de um neurônio é bastante diferente do proteoma de um linfócito de um mesmo indivíduo , já que as diferenças morfológicas e funcionais entre as duas células são reflexo do conjunto de proteínas que cada uma produz. O mesmo tipo de célula pode apresentar proteomas em resposta a estímulos externos, como a ação de drogas, poluição ou mesmo situações de stress. Para se conhecer o proteoma de uma célula é preciso determinar a sequência de aminoácidos e a estrutura tridimensional de cada molécula de proteína . O processo é semelhante ao sequenciamento de genes : o genoma os cientistas identificam a ordem das bases nitrogenadas A, C, G e T no DNA ; no proteoma estuda-se a combinação dos 20 tipos de aminoácidos , que podem assumir centenas de milhares de combinações. A partir das sequências de DNA dos genes pode-se deduzir a sequência de aminoácidos das proteínas por eles codificadas. Essa informação é de grande importância , já que a sequência de aminoácidos de uma proteína (ou estrutura primária) é a característica primordial que define sua forma e um organismo operam individualmente ou em conjunto para exercer suas funções. Além disso, sabe-se que, após serem sintetizadas , as proteínas podem sofrer modificações, como glicosilações (adição de açúcares), fosforilações (adição de fosfatos) e outras transformações. Tais informações não podem ser retiradas exclusivamente da sequencia de genes. O proteoma é , portanto, o resultado da expressão de um conjunto de genes e das modificações que ocorrem após a tradução das proteínas , em resposta a condições ambientais definidas. O genoma humano servirá de "trampolim" para acelerar as pesquisas do proteoma que ainda estão em estágio inicial. Os dados de análise de proteomas são armazenados na forma de mapas de referência ou mapas de proteomas , que estão disponíveis na Internet. Isso permite a comunicação rápida entre pesquisadores de todo o mundo.